Năm 1543, một số chức sắc ở Kent liên kết với nhau công kích và phản bác hai nhà cải cách Richar Turner và John Bland trước Hội đồng Cơ mật. Họ chuẩn bị các văn kiện để trình cho Hội đồng, đến phút cuối có thêm Germain Gardiner, cháu của Stephen Gardiner, gia nhập. Những văn kiện mới nhắm vào Cranmer, liệt kê những sai trái của ông từ năm 1541. Hầu như chắc chắn ngay trong đêm đó nhà vua đã đọc văn kiện này. Tuy nhiên, tổng Giám mục tỏ ra không quan tâm đến việc ông đang bị công kích. Các đặc phái viên của ông ở Lambeth xem xét vụ việc Turner, tuyên bố ông vô tội, điều này khiến những người bảo thủ tức giận.[48]

Trong khi âm mưu chống lại Cranmer đang tiếp diễn, những nhà cải cách khác cũng bị tấn công. Ngày 20 tháng 4, Hội nghị được triệu tập nhằm hiệu đính Sách của các Giám mục. Cranmer chủ tọa các tiểu ban, nhóm bảo thủ không thể hủy bỏ những giáo huấn cải cách, trong đó có giáo lý xưng công chính bởi đức tin. Ngày 5 tháng 5, một phiên bản mới gọi là A Necessary Doctrine and Erudition for any Christian Man, còn gọi là Sách của Nhà vua được ấn hành. Về thần học, phiên bản này bảo thủ hơn Sách của các Giám mục. Ngày 10 tháng 5, Quốc hội thông qua Đạo luật Act for Advancement of True Religion hủy bỏ "các sách sai trái" cũng như chỉ hạn chế việc đọc Kinh Thánh bằng tiếng Anh cho những người thuộc giới quý tộc. Từ tháng 5 đến tháng 8, những người cải cách bị tra xét, bị buộc phải thay đổi quan điểm, hoặc bị cầm tù.[49]

Trong suốt 5 tháng, Henry không làm gì để cáo buộc Cranmer,[50] cuối cùng nhà vua lại tỏ cho Cranmer biết âm mưu chống lại ông. Theo thư ký của Cranmer, Ralph Morice, vào một thời điểm trong tháng 9 năm 1543, nhà vua cho Cranmer xem một văn kiện tóm tắt tất những cáo buộc chống ông. Một cuộc điều tra được tiến hành với Cranmer được bổ nhiệm vào vị trí lãnh đạo. Những cuộc khám xét bất ngờ, chứng cứ được thu thập, và những người chủ mưu bị nhận diện. Lúc đầu, Cranmer khiến các chức sắc dính líu đến âm mưu bị hạ nhục, nhưng dần dà ông tha thứ cho họ và cho phép họ tiếp tục chức trách. Henry trao cho Cranmer chiếc nhẫn của ông nhằm bày tỏ sự tin tưởng dành cho Cranmer. Khi Hội đồng Cơ mật ra lệnh bắt giữ Cranmer vào cuối tháng 11, những nhà quý tộc đã lúng túng khi nhận ra chiếc nhẫn của nhà vua.[51] Chiến thắng của Cranmer được đánh dấu bởi sự cầm tù hai thủ lĩnh hạng hai và Germain Gardiner bị xử tử.[52]

Trong hoàn cảnh thuận lợi, Cranmer lặng lẽ tiến hành công cuộc cải cách, nhất là trong lĩnh vực giáo nghi. Ngày 27 tháng 5 năm 1544, Exhortation and Litany, bản giáo nghi chính thức được soạn bằng ngôn ngữ bản địa được ấn hành, vẫn còn được lưu giữ như là một phần trong Sách Cầu nguyện chung cho đến ngày nay. Thêm những người chủ trương cải cách đắc cử vào Viện Thứ dân, và có thêm những đạo luật mới nhằm giảm thiểu ảnh hưởng của Đạo luật Sáu Tín điều và Đạo luật Act for the Advancement of True Religion.[53]

Năm 1546, một liên minh bảo thủ trong đó có Gardiner, Công tước Norfolk, Quan Chưởng ấn Wriothesley, và Giám mục Luân Đôn, Edmund Bonner, thách thức những nhóm cải cách. Vài nhà cải cách có quan hệ với Cranmer trở thành mục tiêu của họ. Vài người như Lascelles bị đưa lên giàn hỏa thiêu. Tuy nhiên, khi những nhà quý tộc đầy thế lực Edward Seymour và John Dudley từ nước ngoài trở về Anh, họ đã đảo ngược tình thế. Hai biến cố xảy ra trong mùa thu đã tạo thế cân bằng: Gardiner bị thất sủng khi từ chối chuyển sang giáo phận khác, và con trai của Công tước Norfolk bị xử tử vì tội phản quốc. Không có chứng cứ nào cho thấy Cranmer dính líu đến những trò chơi chính trị như thế, cũng không có thêm âm mưu nào khi sức khỏe nhà vua suy yếu trong những tháng cuối cùng của mình. Ngày 28 tháng 1 năm 1547 Cranmer thi hành nghĩa vụ cuối cùng đối với nhà vua khi ông đọc lời tuyên xưng đức tin theo khuynh hướng cải cách trong khi ông nắm tay Henry thay vì cử hành bí tích xức dầu thánh cho người sắp lâm chung. Cranmer than khóc Henry, người ta nói rằng ông để râu dài để bày tỏ lòng thương tiếc. Ngày 31 tháng 1, Cranmer ở trong số những nhân vật thi hành di chúc của nhà vua khi đề cử Edward Seymour vào chức vụ Lord Protector, và chào đón vị vua còn niên thiếu, Edward VI.[54]